Течет Кысык почти все время строго на юг и через 22 километра после начала впадет в реку Лемеза напротив живописных скалистых гор. Ниже Чернореченского порога на Лемезе.
Кысык является после Икеня и Бедярыша одним из главных притоков Лемезы.
Недалеко от устья, на правом берегу когда-то находился одноименный поселок лесорубов Кысык. Еще его называли Пищетара или переиначенное на башкирский лад — Пиштар. Вокруг поселка, по речке долгое время велись масштабные лесоразработки. К Кысыку, как и ко многим таким лесным поселкам вела узкоколейная железная дорога. Долгое время в лесу за поселком Кысык в зарослях валялся маленький брошенный паровоз. Пока его не увезли на металлолом. В настоящее время на месте поселка лишь только поляна.
В реке водится ручьевая форель и хариус. Есть и другая рыбак. присущая горным рекам Южного Урала. Места по речке полностью не населенные. Лес сильно поврежден былыми вырубками и в настоящее время восстанавливается.